A configuração do CUTE-FTP é simples:

Abra o programa, feche a janela FTP Site Manager (que se abre automaticamente ao iniciar o programa).
Clique no menu FTP, escolha Settings e selecione Options. Na pasta General, preencha os campos da seguinte forma: Mail Adress: Coloque seu endereço de e-mail. Default Download Directory: Coloque o diretório onde você quer gravar seus downloads. Text Files Viewer: Notepad.exe (se você utiliza windows).
Deixe as demais opções como estiverem. Clique no botão Ok.

Pronto, as configurações básicas estão feitas. Existem outras que podem ser alteradas, mas com estas seu programa já pode ser utilizado sem problemas.

Usando o CUTE-FTP

Ao abrir o CUTE-FTP, surge automaticamente a janela FTP Site Manager, que serve para você deixar cadastrados os sites de FTP que desejar (algo como os Bookmarks/Favorites dos navegadores Web). Normalmente o programa já vem com uma série de sites pre-cadastrados, e já vem com uma pasta denominada Personal FTP Sites, para você colocar os de sua preferencia.

Para adicionar um site, clique sobre a pasta Personal FTP Sites e depois sobre o botão Add Site. Com isto, se abre a janela FTP Site Edit.

Preencha os campos dessa janela da seguinte forma :
Site Label: O nome para identificar o seu website
Host Address: ftp.seudominio.com.br
User ID: escreva seu login (enviado por email)
Password: Coloque sua senha de sua conta de acesso ao servidor
Transfer Type: Selecione Auto-Detect.
Initial Remote Directory: Coloque o diretório inicial do servidor de FTP (/www)
Initial Local Directory: Coloque o diretório inicial que vai aparecer no seu computador.
Clique no botão “OK”. Isto salva essas configurações no programa.

Para se conectar, clique sobre a pasta onde está o servidor que você deseja, selecione-o na janela da direita e aperte o botão Connect. O programa então faz a conexão com o servidor FTP e mostra na janela da direita um diretório de arquivos, e na da esquerda os diretórios de seu disco rígido, onde os arquivos poderão ser carregados.

Você pode navegar pelos diretórios, tanto do seu computador como do servidor remoto, da mesma forma como faz no Windows Explorer (ou Gerenciador de Arquivos). Ao encontrar o arquivo que procura, clique sobre ele e arraste-o para a janela que se refere ao seu computador (se preferir use o menu Commands e selecione Download). Se você usar o procedimento de arrastar e soltar, o programa irá pedir uma confirmação do procedimento; clique Yes. Isso inicia a transmissão do(s) arquivo(s) para o seu computador. Note que esse processo é valido tanto para transferir um arquivo do servidor para seu computador (Download) quanto vice-versa (Upload).

Para se fazer upload, normalmente o servidor requer uma senha especial, que só é dada para pessoas cadastradas e autorizadas, o que não ocorre no FTP tipo Anônimo (Anonymous). Existem, ainda, servidores que não permitem nem o download para FTP anônimo, por isso, se você se deparar com uma mensagem dizendo que você não está autorizado a efetuar tal operação, não se assuste; apenas procure outro servidor.